安全性的益生菌 益生菌的安全性主要还包括以下几个方面： ①应用于人类的益生菌最差来自人体； ②益生菌必需从健康人的肠道中分离出来； ③益生菌必需经过一定时间证明其无致病性； ④益生菌无法有与一些疾病(如心内膜炎、肠道不适症)互为联系的历史； ⑤益生菌无法使胆盐早期离解； ⑥益生菌无法装载可以移往的抗抗生素基因。安全性是对益生菌的基本拒绝 虽然目前的益生菌基本从传统发酵食品和人体微生态系中检验，但也不有可能几乎确保其安全性，主要原因有两点： (1)致病菌和安全性用于菌株之间的界限并不明晰。(2) 某些菌株在遗传上不平稳，基因不易再次发生转变。
据报导，很少的几例乳酸菌从不受病毒感染的的组织中分离出来。其中一例鼠李糖乳杆菌被指出引发了中年男性的心内膜炎。
可是实验证明LGG鼠李糖乳杆菌会引发病毒感染。解释尽管益生菌产品被大量安全性消费了好多年，无意间的相当严重病毒感染，特别是在是对于免疫力低落的病人，还是有可能再次发生。但是这种病毒感染只再次发生在免疫力较低的人身上，而且再次发生的几率少之又少。
还有一些重症胰腺炎患者食用某些益生菌造成肠道局部坏死。乳杆菌天生表明出有普遍的抗生素抗性，如万古霉素，但在多数情况下这种抗生素抗性不属于可传送型。
具备非传送型抗生素抗性的乳杆菌一般来说不需为安全性的考虑到。
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